效率的同时，也使传统的税收理论、税收原则受到不同程度的冲击。电子商务所具有的无国界性、超领土化以及网络化、数字化等特点，使现行税法落后于交易方式快速演进的步伐，主要表现在以下几个方面：
(一)对现行税制要素的挑战
1．纳税主体不清晰。纳税主体是税法的首要构成要素，在传统贸易方式下，交易双方谁是纳税人都很清楚。而网络经济超越了国家界限，交易迅速、直接．交易的主体具有虚拟性，使纳税主体国际化、边缘化、复杂化和模糊化。
2．征税对象不明确。电子商务中许多产品或劳务是以数字化的形式通过电子传递来实现的，传统的计税依据在这里已失去了基础。由于数字化信息具有易被复制或下载的特性，很难确认是商品收入所得、提供劳务所得还是特许权使用费，使得课税对象的性质变得模糊不清。
3纳税环节将改变。网络经济贸易的一个特点是交易环节少、渠道多，这对流转税制中的多环节纳税产生挑战。